जीनोमिक्स अनुसंधान प्राकृतिक विज्ञान की विभिन्न शाखाओं के बीच सेतु का काम कर रहा है और परिणामस्वरूप पिछले दो दशकों में इसमें अभूतपूर्व वृद्धि हुई है। जीव विज्ञान के सभी अनुसंधान जीनोमिक्स से प्रभावित हैं  जिसके परिणामस्वरूप अनाज, सब्जियां, फल, रेशे, पेय पदार्थ, हर्बल दवाएं, फार्मास्यूटिकल्स और औद्योगिक अणुओं के आर्थिक उत्पादन के लिए फसलों को अनुकूलित करने के नए तरीके सामने आ रहे हैं। दुनिया  में भूख और कुपोषण को कम करने और स्वस्थ जीवन की शुरुआत करने के लिए उम्मीदों पर खरी उतर रही है। एनआईपीजीआर का लक्ष्य जीनोमिक्स अनुसंधान की वर्तमान गति से उत्पन्न होने वाली ऐसी आशाओं की प्राप्ति में योगदान देना है।

संस्थान ने 1998 में पादप जीनोमिक्स के विशिष्ट पहलुओं में अनुसंधान करने, उसे बढ़ावा देने और समन्वय करने, कार्यकर्ताओं को प्रशिक्षित करने और सूचना संसाधन के रूप में कार्य करने के उद्देश्य से कार्य करना शुरू किया, ताकि एक अग्रणी संस्थान का निर्माण किया जा सके। एनआईपीजीआर पादप जीव विज्ञान के अग्रणी क्षेत्रों जैसे कि कम्प्यूटेशनल बायोलॉजी, जीनोम विश्लेषण और आणविक मानचित्रण, अजैविक तनाव प्रतिक्रियाओं की आणविक क्रियाविधि, पोषण जीनोमिक्स, पादप विकास और संरचना, पादप प्रतिरक्षा, आणविक प्रजनन, फसल सुधार के लिए ट्रांसजेनिक्स और पादप जीनोमिक्स पर आधारित अन्य उभरते क्षेत्रों में योगदान देने के लिए तत्पर है। अनुसंधान कार्यक्रम का उद्देश्य पादप जीनोम में जीन की संरचना, अभिव्यक्ति और कार्यप्रणाली के साथ-साथ जीन की व्यवस्था को समझने और उच्च उपज और बेहतर गुणवत्ता वाले उत्पादों के लिए खाद्य और औद्योगिक फसलों की उन्नत किस्मों को विकसित करने के लिए पादप जीन/जीनोम मैनीपुलेशन में योगदान देना है। एनआईपीजीआर की स्थापना अंतर्राष्ट्रीय जीनोमिक अनुसंधान की तीव्र गति के बीच चुनौतियों का सामना करने और दीर्घकालिक आधार पर अवसरों को प्राप्त करने के राष्ट्रीय प्रयास के एक भाग के रूप में ऐसी आशाओं की प्राप्ति में योगदान करने के लिए की गई थी।

एनआईपीजीआर का संपूर्ण कार्य समुदाय देश में पादप जीनोमिक अनुसंधान के लिए संस्थान को अग्रणी संस्थान बनाने के लिए प्रतिबद्ध है। एनआईपीजीआर के उद्देश्य और प्रयोजन निम्नलिखित हैं।