एनआईपीजीआर में स्वचालित डीएनए सीक्वेंसिंग सुविधा ABI3730xl डीएनए विश्लेषक से सुसज्जित है, जो दो घंटे में छियानवे नमूनों का विश्लेषण करने में सक्षम है। ABI9700 पीसीआर साइक्लर की सहायता से साइकिल सीक्वेंसिंग के लिए बिग डाई टर्मिनेटर केमिस्ट्री संस्करण 3.1 का उपयोग किया जा रहा है।  वरिष्ठ तकनीकी अधिकारी इस सुविधा का प्रबंधन करते हैं। क्लोन किए गए डीएनए, पीसीआर उत्पाद और बीएसी एंड्स का विश्लेषण POP7 पॉलीमर और 50 सेमी ऐरे का उपयोग करके किया जाता है, जो 900 बेस रीड उत्पन्न करने में सक्षम है। AFLP प्रतिक्रिया उत्पादों का भी विश्लेषण किया जाता है।