संस्थान का पीएच.डी. कार्यक्रम हर साल शुरू होता है। यह संस्थान का एक दीर्घकालिक प्रशिक्षण कार्यक्रम है, जिसके माध्यम से फरीदाबाद स्थित क्षेत्रीय जैव प्रौद्योगिकी केंद्र (आरसीबी) की पीएच.डी. उपाधि प्राप्त की जाती है। इसके अतिरिक्त, संस्थान समय-समय पर अल्पकालिक प्रशिक्षण कार्यक्रम भी आयोजित करता है, जिनमें अन्य संस्थानों के वैज्ञानिक भी भाग ले सकते हैं। सीएसआईआर/यूजीसी/डीबीटी परीक्षा उत्तीर्ण शोधार्थियों (जिनके पास जेआरएफ है) का चयन देश भर से आए बड़ी संख्या में आवेदकों में से राष्ट्रीय स्तर की प्रतियोगी परीक्षा और साक्षात्कार के आधार पर किया जाता है। चयनित शोधार्थियों को छह महीने का प्रारंभिक पाठ्यक्रम कार्य करना होता है, जिसके बाद विभिन्न प्रयोगशालाओं में पादप जीव विज्ञान और जैव प्रौद्योगिकी के विभिन्न क्षेत्रों पर शोध कार्य करना होता है।