राष्ट्रीय पादप जीनोम अनुसंधान संस्थान, (रा.पा.जी.अनु.सं.), भारत सरकार  के विज्ञान और प्रौद्योगिकी मंत्रालय के बायोटेक्नोलॉजी विभाग द्वारा वित्त पोषित एक स्वायत्त अनुसंधान संस्थान है। इस संस्थान की स्थापना वर्ष 1998 में पादप विज्ञान और कृषि जीव विज्ञान के मूलभूत और अनुप्रयुक्त क्षेत्रों में उच्च स्तरीय अनुसंधान करने और उसे बढ़ावा देने के उद्देश्य से की गई थी। पोस्ट-जीनोमिक युग में कोशिकीय और प्रणालीगत दोनों स्तरों पर जैविक अनुसंधान में अभूतपूर्व प्रगति हुई है। इस संदर्भ में, पादप जीनोमिक्स अनुसंधान पर विशेष ध्यान देने के कारण एनआईपीजीआर की स्थिति अद्वितीय है। अकादमिक-उद्योग अंतःक्रियाओं और ज्ञान आधारित संसाधनों के लिए अपने आधारभूत ढांचे के माध्यम से, एनआईपीजीआर पादप जीव विज्ञान के अग्रणी क्षेत्रों में योगदान देने के लिए तत्पर है। सभी जीव विज्ञान अनुसंधान जीनोमिक्स से प्रभावित हैं और परिणामस्वरूप पौधे के जीवन को समझने और आनुवंशिक संवर्धन द्वारा फसलों को तैयार  करने के नए तरीके उभर रहे हैं। एनआईपीजीआर का लक्ष्य जीनोमिक्स अनुसंधान की वर्तमान गति से उत्पन्न इन आशाओं को साकार करने में योगदान देना है। एनआईपीजीआर में अनुसंधान कार्यक्रमों का उद्देश्य पादप जीनोम में जीन की संरचना, अभिव्यक्ति और कार्य को समझना है, और पादप जीन/जीनोम की इस समझ का उपयोग उच्च पैदावार और बेहतर गुणवत्ता के लिए फसलों में आनुवंशिक सुधार करने के लिए करना है।