प्रोटिओमिक्स विभिन्न जैविक प्रक्रियाओं में शामिल प्रोटीनों के अध्ययन के लिए एक अत्यंत शक्तिशाली और आशाजनक दृष्टिकोण है। नई विश्लेषणात्मक तकनीकों और जीनोमिक अनुक्रम जानकारी की बढ़ती उपलब्धता के कारण किसी कोशिका या ऊतक में विशिष्ट परिस्थितियों में व्यक्त होने वाले अनेक प्रोटीनों का व्यवस्थित रूप से समानांतर विश्लेषण करना संभव हो गया है। राष्ट्रीय पादप जीनोम अनुसंधान संस्थान में स्थित प्रोटिओमिक्स सुविधा प्रोटीनों के गुणात्मक और मात्रात्मक लक्षण वर्णन के लिए द्रव्यमान स्पेक्ट्रोमेट्री को मुख्य तकनीक के रूप में उपयोग करती है। भारत सरकार के जैव प्रौद्योगिकी विभाग द्वारा वित्त पोषित यह सुविधा, प्रोटिओमिक्स अनुसंधान गतिविधियों को शुरू करने, समन्वय करने और सुगम बनाने के उद्देश्य से 2007 में शुरू हुई थी। इस सुविधा के पास प्रोटिओमिक्स गतिविधियों के लिए कई उपकरण और अनुभव उपलब्ध हैं। इस सुविधा की सेवा आंतरिक और बाहरी उपयोगकर्ताओं के लिए उपलब्ध है।