इस सुविधा की गतिविधियाँ मुख्य रूप से प्रोटीन की पहचान और लक्षित पेप्टाइड्स की मात्रा निर्धारित करने पर केंद्रित हैं।

प्रोटीन के नमूने, जो SDS-PAGE जेल बैंड के रूप में उपलब्ध कराए जाते हैं और MS-संगत डाई से रंगे होते हैं या विलयन में होते हैं, उन्हें ट्रिप्टिक पाचन के लिए भेजा जाता है और मानक प्रोटोकॉल के अनुसार पेप्टाइड निकाले जाते हैं। पेप्टाइड का विश्लेषण Sciex TripleTOF 6600 का उपयोग करके इलेक्ट्रोस्प्रे आयनीकरण टाइम-ऑफ-फ्लाइट मास स्पेक्ट्रोमेट्री द्वारा किया जाता है, जो ekspert nanoLC 425 या Sciex CESI 8000 Plus सिस्टम के साथ ऑनलाइन जुड़ा होता है। पेप्टाइड की पहचान Analyst सॉफ़्टवेयर द्वारा उत्पन्न पीक सूची को MASCOT ( http://www.matrixscience.com ) सर्च इंजन या Protein Pilot सॉफ़्टवेयर के विरुद्ध खोजकर की जाती है। लक्षित पेप्टाइड का मात्रात्मक विश्लेषण Sciex QTRAP 6500+ का उपयोग करके किया जाता है, जो Sciex Exion LC सिस्टम के साथ ऑनलाइन जुड़ा होता है।