कॉन्फोकल माइक्रोस्कोपी का उपयोग जीवित और स्थिर नमूनों की इमेजिंग के लिए व्यापक रूप से किया जाता है। एनआईपीजीआर में स्थित सुविधा कंप्यूटर संचालित लाइका टीसीएस-एसपी2 कॉन्फोकल लेजर स्कैनिंग माइक्रोस्कोप से सुसज्जित है। इस प्रणाली में यूवी लेजर, आर्गन लेजर और हीलियम-नियॉन लेजर हैं जिनका उपयोग विभिन्न फ्लोरोसेंट रंगों जैसे जीएफपी, वाईएफपी, सीएफपी, एलेक्सा, आरआईटीसी, टीआरआईटीसी आदि की इमेज कैप्चर करने के लिए किया जाता है, जिनका अनुप्रयोगों का व्यापक स्पेक्ट्रम है।