संस्थान का पीएचडी कार्यक्रम हर साल शुरू किया जाता है। यह संस्थान का एक दीर्घकालिक प्रशिक्षण कार्यक्रम है, जिसके तहत जवाहरलाल नेहरू विश्वविद्यालय, नई दिल्ली से पीएचडी की डिग्री प्राप्त की जाती है। इसके अलावा, संस्थान समय-समय पर अल्पकालिक प्रशिक्षण कार्यक्रम भी आयोजित करता है, जिसके लिए अन्य संस्थानों के वैज्ञानिक पात्र होते हैं। इस कार्यक्रम में उन विद्वानों (जिनके पास सीएसआईआर/यूजीसी/डीबीटी/आईसीएमआर परीक्षा की जेआरएफ है) को राष्ट्रीय स्तर की प्रतियोगी परीक्षा और देश भर से बड़ी संख्या में आवेदकों में से साक्षात्कार के आधार पर प्रवेश दिया जाता है। चयनित विद्वानों को पहले छह महीने की अवधि के लिए कोर्स वर्क करना होता है, जिसके बाद विभिन्न प्रयोगशालाओं में प्लांट बायोलॉजी के विभिन्न क्षेत्रों पर शोध कार्य करना होता है।
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