कॉन्फोकल माइक्रोस्कोपी का व्यापक रूप से जीवित और स्थिर नमूनों की छवि बनाने के लिए उपयोग किया जाता है। NIPGR की सुविधा कंप्यूटर संचालित Leica TCS-SP2 कॉन्फोकल लेजर स्कैनिंग माइक्रोस्कोप से सुसज्जित है। सिस्टम में UV लेजर, Ar-लेजर, He-Ne-लेजर है जिसका उपयोग विभिन्न फ्लोरोसेंट रंगों जैसे GFP, YFP, CFP, Alexa, RITC, TRITC आदि की छवियों को कैप्चर करने के लिए किया जाता है, जिनके अनुप्रयोगों की विस्तृत श्रृंखला है।
सिस्टम का उपयोग फ्लोरोसेंट लेबल वाले जीवित और स्थिर पौधों और जानवरों के नमूनों की कॉन्फोकल रिकॉर्डिंग (लेजर स्कैनिंग इमेज) के लिए किया जाता है। सुविधा की सेवा आंतरिक और बाहरी उपयोगकर्ताओं के लिए उपलब्ध है।