डॉ. शैलेश कुमार
(एम.एससी. और पीएच.डी., जवाहरलाल नेहरू विश्वविद्यालय, नई दिल्ली)स्टाफ साइंटिस्ट IV, प्रयोगशाला #202
राष्ट्रीय पादप जीनोम अनुसंधान संस्थान (NIPGR), अरुणा आसफ अली मार्ग, नई दिल्ली 110067
दूरभाष: +91-11-26735217
फैक्स: +91-11-26741658
ईमेल: shailesh@nipgr.ac.in
पीएच.डी. छात्रों की सूची
| एस. नं. | नाम | थीसिस शीर्षक | वर्ष |
|---|---|---|---|
| 1. | अजीत सिंह | पौधों में लंबे गैर-कोडिंग आरएनए (इंकआरएनए) और संलयन प्रतिलेखों का अध्ययन करने के लिए कम्प्यूटेशनल दृष्टिकोण | 2022 |
| 2. | शफाक ज़हरा | पौधों में ट्रांसफर आरएनए-व्युत्पन्न अंशों (टीआरएफ) का अध्ययन करने के लिए कम्प्यूटेशनल दृष्टिकोण | 2023 |
| 3. | मोहिनी जायसवाल | जैविक गतिविधियों वाले पौधे-व्युत्पन्न पेप्टाइड्स का अध्ययन करने के लिए कम्प्यूटेशनल दृष्टिकोण | 2023 |
| 4. | एटी विवेक | बड़े डेटा का उपयोग करके पौधों में विनियामक गैर-कोडिंग आरएनए में अंतर्दृष्टि | 2024 |
प्रोफ़ाइल
शोध क्षेत्र
बायोइन्फॉर्मेटिक्स, जीनोमिक्स, बिग डेटा एनालिसिस, मशीन लर्निंग (एमएल), डीप लर्निंग, आर्टिफिशियल इंटेलिजेंस (एआई), और प्लांट बायोटेक्नोलॉजी
शोध रुचियाँ
प्लांटा में, हम कम्प्यूटेशनल और प्रायोगिक दोनों तरीकों का उपयोग करके जीनोम विनियामक सर्किट के नए घटकों (जैसे, नॉन-कोडिंग आरएनए और जीन) की पीढ़ी और कार्य की खोज कर रहे हैं। इस उद्देश्य के लिए, हम मल्टी-ओमिक्स डेटासेट का उपयोग कर रहे हैं, और अणुओं की हमारी पसंद में ट्रांसफर आरएनए (टीआरएनए)-व्युत्पन्न नॉन-कोडिंग आरएनए (टीएनसीआरएनए), राइबोसोमल आरएनए-व्युत्पन्न टुकड़े (जैसे आरआरएफ), लंबे नॉन-कोडिंग आरएनए, फ्यूजन ट्रांसक्रिप्ट और फलीदार फसलों में नए जीन परिवार शामिल हैं। इसके अलावा, हम प्लांट जीनोमिक्स अनुसंधान के लिए उपकरण और डेटाबेस भी विकसित कर रहे हैं।
ट्रांसफर आरएनए (टीआरएनए)-व्युत्पन्न गैर-कोडिंग आरएनए (tncRNAs)
गैर-कोडिंग आरएनए (ncRNAs) जीवित प्रणाली में एपिजेनेटिक, ट्रांसक्रिप्शनल और पोस्ट-ट्रांसक्रिप्शनल स्तरों पर जीन अभिव्यक्ति के शक्तिशाली नियामक हैं। ट्रांसफर आरएनए (टीआरएनए)-व्युत्पन्न गैर-कोडिंग आरएनए (tncRNAs) विनियामक आरएनए का एक अलग समूह है, जिसे जीवन के सभी तीन डोमेन में रिपोर्ट किया गया है, जो पूर्ववर्ती टीआरएनए (प्री-टीआरएनए) या परिपक्व टीआरएनए के एंडोन्यूक्लियोलाइटिक क्लीवेज से प्राप्त होता है। tncRNAs में सुप्रसिद्ध छोटे tRNA-व्युत्पन्न RNA टुकड़े (~12 से 30 न्यूक्लियोटाइड [nt]) शामिल हैं जिन्हें लोकप्रिय रूप से tRF या tDRs कहा जाता है, और लंबे tRNA हिस्से या tRHs (~30 से 40 nt)। प्लांटा में, हम tncRNAs की पीढ़ी और कार्य को समझने की कोशिश कर रहे हैं जिसमें विभिन्न ऊतकों में उनकी अभिव्यक्ति और विभिन्न तनाव की स्थिति शामिल हैं।
फ्यूजन ट्रांसक्रिप्ट
फ्यूजन ट्रांसक्रिप्ट, जिन्हें "काइमेरिक ट्रांसक्रिप्ट" के रूप में भी जाना जाता है, डीएनए स्तर पर गुणसूत्र पुनर्व्यवस्था या आरएनए स्तर पर ट्रांस-स्प्लिसिंग या इंटरजेनिक सीआईएस स्प्लिसिंग के कारण उत्पन्न हो सकते हैं। जीन संलयन को पौधों में आकृति विज्ञान, शरीर विज्ञान और फेनोटाइपिक चरित्र को नियंत्रित करने के साथ-साथ अनुकूली विकास के लिए एक प्रमुख योगदानकर्ता माना जाता है। संलयन प्रतिलेख प्रोटीन के लिए कोड कर सकते हैं, या लंबे गैर-कोडिंग आरएनए के रूप में कार्य कर सकते हैं, और जीनोम विनियमन में एक प्रमुख भूमिका निभा सकते हैं। हम इन नए अणुओं की खोज कर रहे हैं ताकि पौधों में उनकी पीढ़ी और कार्य को समझा जा सके, जिसमें बेहतर किस्मों के विकास के लिए विभिन्न लक्षणों पर विशेष ध्यान दिया जा सके।
वेबसर्वर, डेटाबेस और कम्प्यूटेशनल पाइपलाइनों का विकास
हम अपनी खुद की पाइपलाइन/पद्धतियाँ और वेब-सर्वर विकसित करके मल्टी-ओमिक्स डेटासेट का विश्लेषण कर रहे हैं। हम विभिन्न जैव-अणुओं के जीव विज्ञान को समझने के लिए मशीन लर्निंग, डीप लर्निंग और आर्टिफिशियल इंटेलिजेंस का भी उपयोग कर रहे हैं। इसके अलावा, हम अपने परिणामों को उपयोगकर्ता के अनुकूल डेटाबेस के रूप में भी प्रस्तुत कर रहे हैं।
वैज्ञानिक योगदान/ मान्यताएँ
| निर्वाचित सदस्य: नेशनल एकेडमी ऑफ साइंसेज भारत (NASI), 2022 |
| जैव प्रौद्योगिकी विभाग (DBT), भारत द्वारा जापान (21-27 जनवरी, 2018) में भारतीय युवा अधिकारियों के लिए विज्ञान में SAKURA एक्सचेंज प्रोग्राम के लिए चयनित |
| विजिटिंग साइंटिस्ट: गुआंग्शी मेडिकल यूनिवर्सिटी और गुइलिन मेडिकल यूनिवर्सिटी, चीन (अक्टूबर-नवंबर 2017)। |
| एसोसिएट एडिटर: प्लोस वन और बीएमसी बायोइनफॉरमैटिक्स। |
प्रकाशन
प्रकाशनों के उद्धरण:Google विद्वान
A) संवाददाता लेखक
| चित्कारा पी, सिंह ए, गंगवार आर, भारद्वाज आर, ज़हरा एस, अरोड़ा एस, हामिद एफ, आर्य ए, साहू एस, चक्रवर्ती एस, रमेश एम और कुमार एस*. पौधों में संलयन प्रतिलेखों का परिदृश्य: जीनोम जटिलता में एक नई अंतर्दृष्टि। बीएमसी प्लांट बायोल 24, 1162 (2024)। पीएमआईडी: 39627690. |
| विवेक एटी, साहू एन, कलाकोटी जी, कुमार एस*। एएनएनइंटर: अरेबिडोप्सिस थालियाना के एनसीआरएनए-एनसीआरएनए इंटरैक्टोम का पता लगाने के लिए एक मंच। कम्प्यूटेशनल बायोलॉजी एंड केमिस्ट्री, 2025,115:108328.पीएमआईडी: 39754835. |
| अरोड़ा एस, हामिद एफ, कुमार एस*. पौधों में फ्यूजन ट्रांसक्रिप्ट: ट्रांसक्रिप्टोम जटिलता की छिपी परत. प्लांट साइंस में रुझान. 2025 जनवरी 2:S1360-1385(24)00340-6. doi:10.1016/j.tplants.2024.12.004.PMID: 39753389. |
| विवेक एटी, आर्य ए, स्वैन एसपी, कुमार एस*. एथिसोमीआरडीबी: अरेबिडोप्सिस आइसोमिआरएस का एक व्यापक डेटाबेस, डेटाबेस (2024), वॉल्यूम 2024, baae115. पीएमआईडी:39514415 |
| आर्य ए, अरोड़ा एस, हामिद एफ, कुमार एस*। पीफ्यूजनडीबी: प्लांट-विशिष्ट फ्यूजन ट्रांसक्रिप्ट का एक व्यापक डेटाबेस। 3 बायोटेक 14, 282 (2024)। पीएमआईडी:39479298 |
| कालाकोटी जी, विवेक एटी, कंबोज ए, सिंह ए, चक्रवर्ती एस, कुमार एस*। rsRNAfinder पाइपलाइन का उपयोग करके अरेबिडोप्सिस थालियाना में rRNA-व्युत्पन्न छोटे RNA की व्यापक प्रोफाइलिंग। मेथड्सएक्स, खंड 12, 2024, 102494. |
| स्वैन एसपी, अहमद एस, समर्थ एन, सिंह एस, गुप्ता डी, कुमार एस*। माइकोबैक्टीरियम ट्यूबरकुलोसिस से एन-एसिटाइलट्रांसफेरेज़ ईआईएस प्रोटीन के खिलाफ एल्कलॉइड और उनके डेरिवेटिव के सिलिको अध्ययन। जर्नल ऑफ बायोमॉलेक्यूलर स्ट्रक्चर एंड डायनेमिक्स, 42(20), 10950-10964.पीएमआईडी:पीएमआईडी: 37728544. |
| जायसवाल एम और amp; कुमार एस*. smAMPsTK: पौधों की प्रजातियों के AMPs को एन्कोड करने वाले smORFome को उजागर करने के लिए एक टूलकिट। जर्नल ऑफ बायोमॉलेक्यूलर स्ट्रक्चर एंड डायनेमिक्स (प्रेस में)। DOI: 10.1080/07391102.2023.2235605. PMID:37464885 |
| सिंह ए, एट वी, गुप्ता के, शर्मा एस, कुमार एस*। दो प्रमुख पालतू कपास प्रजातियों के लंबे गैर-कोडिंग आरएनए और माइक्रोआरएनए परिदृश्य। कंप्यूट स्ट्रक्चर बायोटेक्नोलॉजी जे. 2023 मई 12;21:3032-3044। पीएमआईडी: 3726640 |
| चक्रवर्ती एस, गंगवार आर, ज़हरा एस, पोद्दार एन, सिंह ए और कुमार एस*। ओएससीए जीन परिवार का जीनोम-व्यापी लक्षण वर्णन और तुलनात्मक विश्लेषण तथा फलियों में इसके संभावित तनाव-प्रतिक्रियाशील सदस्यों की पहचान। विज्ञान रिपोर्ट 13, 5914 (2023)। पीएमआईडी: 37041245 |
| ज़हरा एस, सिंह ए और कुमार एस*. tncRNA टूलकिट: RNA (tRNA)-व्युत्पन्न गैर-कोडिंग RNA की सुविधाजनक पहचान के लिए एक पाइपलाइन। मेथड्सएक्स, खंड 10, 2023, 101991. पीएमआईडी: 36632599 |
| पोद्दार एन, दीपिका डी, चितकारा पी, सिंह ए* और कुमार एस*. आणविक और अभिव्यक्ति विश्लेषण चने में अजैविक तनाव संकेतन और विकास में सीबीएल इंटरेक्टिंग प्रोटीन किनेसेस (सीआईपीके) की भूमिका को इंगित करते हैं। विज्ञान रिपोर्ट 12, 16862 (2022). पीएमआईडी: 36207429 |
| जायसवाल एम, सिंह एस और कुमार एस*. पीटीपीएएमपी: प्लांट-व्युत्पन्न एंटीमाइक्रोबियल पेप्टाइड्स के लिए भविष्यवाणी उपकरण। अमीनो एसिड55, 1-17 (2023). पीएमआईडी: 35864258 |
| चक्रवर्ती एस, सौदाराजन पी, और कुमार एस*. फलियों में 14-3-3 जीन की जीनोम-व्यापी पहचान, लक्षण वर्णन और अभिव्यक्ति प्रोफाइलिंग। प्लांट बायोटेक्नोलॉजी रिपोर्ट 16, 579–597 (2022)। लिंक: https://doi.org/10.1007/s11816-022-00781-x |
| सिंह ए, ज़हरा एस, दास डी और कुमार एस*। PtRNAdb: पौधों की विभिन्न प्रजातियों से पादप tRNA जीन का एक वेब संसाधन। 3 बायोटेक (2022)। 12, 185 (2022)। पीएमआईडी: 35875176 |
| दीपिका डी, पोद्दार एन, कुमार एस* और सिंह ए.* आणविक लक्षण वर्णन से पता चलता है कि चने (सिसर एरियेटिनम) में अजैविक तनाव संकेतन और विकास में कैल्शियम पर निर्भर प्रोटीन किनेसेस की भागीदारी है। फ्रंट. प्लांट साइंस. 2022, 13:831265. पीएमआईडी: 35498712 |
| ज़हरा एस, भारद्वाज आर, शर्मा एस, सिंह एस और कुमार एस.* PtncRNAdb: प्लांट ट्रांसफर आरएनए-व्युत्पन्न नॉन-कोडिंग आरएनए (tncRNAs) डेटाबेस। 3 बायोटेक, 12, 105 (2022)। पीएमआईडी: 35462956 |
| चित्कारा पी, पोद्दार एन, सिंह ए और कुमार एस.* फलियों में BURP डोमेन-युक्त जीन: तनाव और विकास के तहत जीनोम-व्यापी पहचान, संरचना और अभिव्यक्ति विश्लेषण। प्लांट बायोटेक्नोलोजी रिपोर्ट 16, 369-388 (2022)। https://doi.org/10.1007/s11816-022-00752-2 |
| सिंह ए, ज़हरा एस, पोद्दार एन और कुमार एस.* ट्रांसफर आरएनए-व्युत्पन्न गैर-कोडिंग आरएनए (tncRNAs): पौधों के ट्रांसक्रिप्शनल विनियामक सर्किट का छिपा हुआ विनियमन। कम्प्यूटेशनल और स्ट्रक्चरल बायोटेक्नोलॉजी जर्नल। वॉल्यूम 19, 2021, पृष्ठ 5278-5291। पीएमआईडी: 34630945 |
| भारद्वाज आर, ठाकुर जेके* और कुमार एस*. मेडप्रोडीबी: मध्यस्थ प्रोटीन का एक डेटाबेस। कम्प्यूटेशनल और स्ट्रक्चरल बायोटेक्नोलॉजी जर्नल वॉल्यूम 19, 2021, पृष्ठ 4165-4176। PMID: 34527190 |
| सिंह ए, विवेक एटी और कुमार एस*.(2021) AlnC: एंजियोस्पर्म में लंबे गैर-कोडिंग आरएनए का एक व्यापक डेटाबेस। PLoS ONE 16(4): e0247215. पीएमआईडी: 33852582 |
| विवेक एटी और शैलेश कुमार*. RNA-seq का उपयोग करके प्लांट रेगुलेटरी नॉन-कोडिंग RNA के एनोटेशन के लिए कम्प्यूटेशनल विधियाँ। ब्रीफिंग इन बायोइनफॉरमैटिक्स, खंड 22, अंक 4, जुलाई 2021, bbaa322, https://doi.org/10.1093/bib/bbaa322 पीएमआईडी: 33333550. (समीक्षा लेख) |
| दास डी, जायसवाल एम, खान एफ एन, अहमद एस और कुमार एस*. PlantPepDB: मैन्युअल रूप से क्यूरेटेड प्लांट पेप्टाइड डेटाबेस। वैज्ञानिक रिपोर्ट 10:2194(2020) पीएमआईडी: 32042035 |
| विवेक एटी, ज़हरा एस, और कुमार एस*. वर्तमान ज्ञान से सर्वोत्तम अभ्यास तक: संक्रमित पौधों में वायरस-व्युत्पन्न छोटे हस्तक्षेप करने वाले आरएनए (vsiRNAs) की गहन अनुक्रमण का उपयोग करके वायरल डायग्नोस्टिक्स पर एक प्राइमर। तरीके; 2020 नवंबर 1;183:30-37. पीएमआईडी: 31669354. (समीक्षा लेख) |
| सिंह ए, ज़हरा एस, दास डी और कुमार एस.* एटफ़्यूज़नडीबी: अरबीडोप्सिस थालियाना में फ़्यूज़न ट्रांसक्रिप्ट का एक डेटाबेस। डेटाबेस (2018). डेटाबेस (ऑक्सफोर्ड).वॉल्यूम 2018 जनवरी 1. doi.org/10.1093/database/bay135. पीएमआईडी: 30624648 |
| गुप्ता एन, ज़हरा एस, सिंह ए और कुमार एस.* PVsiRNAdb: प्लांट एक्सक्लूसिव वायरल-व्युत्पन्न छोटे इंटरफेरिंग आरएनए के लिए एक डेटाबेस। डेटाबेस (2018). डेटाबेस (ऑक्सफ़ोर्ड).वॉल्यूम 2018 जनवरी 1. doi.org/10.1093/database/bay105. पीएमआईडी: 30307523 |
| गुप्ता एन, सिंह ए, ज़हरा एस और कुमार एस.* PtRFdb: प्लांट ट्रांसफर आरएनए-व्युत्पन्न टुकड़ों के लिए एक डेटाबेस। डेटाबेस (2018). डेटाबेस (ऑक्सफ़ोर्ड)। 2018 जनवरी 1;2018. doi: 10.1093/database/bay063 PMID: 29939244 |
B) प्रथम लेखक प्रकाशन
| कुमार एस, रज्जाक एसके, वीओ एडी, गौतम एम, ली एच: अगली पीढ़ी के अनुक्रमण का उपयोग करके संलयन प्रतिलेखों की पहचान करना। विली अंतःविषय समीक्षा: आरएनए 2016, 7:811–823. (कवर छवि) पीएमआईडी: 27485475 |
| कुमार एस, वीओ एडी, किन एफ, ली एच: आरएनए-सीक्यू डेटा से फ्यूजन ट्रांसक्रिप्ट का पता लगाने के तरीकों का तुलनात्मक मूल्यांकन। वैज्ञानिक रिपोर्ट 2016, 6:21597। पीएमआईडी: 26862001 |
| कुमार एस, विक्रम एस, राघव जीपीएस: बर्कहोल्डरिया प्रजाति एसजे98 का जीनोम एनोटेशन, केमोटैक्सिस जीन पर विशेष ध्यान के साथ। पीएलओएस वन 2013, 8:e70624। पीएमआईडी: 23940608 |
| कुमार एस, कुशवाह एच, बछावत ए.के., राघव जीपीएस, गणेशन के: ओलेजिनस रेड यीस्ट रोडोस्पोरिडियम टोरुलोइड्स का जीनोम अनुक्रम एमटीसीसी 457. यूकेरियोटिक सेल 2012,11:1083–4. पीएमआईडी: 22858828 |
| कुमार एस, रंधावा ए, गणेशन के, राघव जीपीएस, मोंडल एके: नमक-सहिष्णु खमीर डेबारियोमाइसेस हेंसेनी var. हेंसेनी MTCC 234 का ड्राफ्ट जीनोम अनुक्रम। यूकेरियोटिक सेल 2012,11:961–2. पीएमआईडी: 22744717 |
| कुमार एस, सुब्रमण्यम एस, राघव जीपीएस, पिन्नाका एके: समुद्री जीवाणु मैरिनिलैबिलिया सैल्मोनीकलर का जीनोम अनुक्रम जेसीएम 21150टी. जर्नल ऑफ बैक्टीरियोलॉजी 2012, 194:3746. पीएमआईडी: 22740671 |
| कुमार एस, विक्रम एस, सुब्रमण्यम एस, राघव जीपीएस, पिन्नाका एके: हेलोटोलरेंट बैक्टीरिया इमटेकेला हेलोटोलरेंस K1T का जीनोम अनुक्रम। जर्नल ऑफ बैक्टीरियोलॉजी 2012, 194:3731। पीएमआईडी: 22740661 |
| कुमार एस, विक्रम एस, राघव जीपीएस: नाइट्रोएरोमैटिक कम्पाउंडडिग्रेडिंग बैक्टीरिया बर्कहोल्डरिया एसपी. स्ट्रेन एसजे98 का जीनोम अनुक्रम। जर्नल ऑफ बैक्टीरियोलॉजी 2012, 194:3286। पीएमआईडी: 22628512 |
| विक्रम एस, कुमार एस, सुब्रमण्यम एस, राघव जीपीएस: नाइट्रोफेनॉल-डिग्रेडिंग एक्टिनोमाइसीट रोडोकोकस इम्टेकेंसिस आरकेजे 300 का ड्राफ्ट जीनोम अनुक्रम। जर्नल ऑफ बैक्टीरियोलॉजी 2012, 194:3543। पीएमआईडी: 22689233 |
| कुमार एस, कौर एन, सिंह एनके, राघव जीपीएस, मायिलराज एस: स्ट्रेप्टोमाइसेस गैन्सिडिकस स्ट्रेन बीकेएस 13-15 का ड्राफ्ट जीनोम अनुक्रम। जीनोम घोषणाएँ, 1:e0015013। पीएमआईडी: 23599292 |
| कुमार एस, बाला एम, राघव जीपीएस, मायिलराज एस: रोडोकोकस ट्रायटोमी स्ट्रेन बीकेएस 15-14 का ड्राफ्ट जीनोम अनुक्रम। जीनोम घोषणाएँ, 1:e0012913। पीएमआईडी: 23538907 |
| कुमार एस, कौर सी, किमुरा के, टेको एम, राघव जीपीएस, मायिलराज एस: जीनस सिट्रोबैक्टर, सिट्रोबैक्टर फ्रेंडी एमटीसीसी 1658 की प्रकार प्रजातियों का ड्राफ्ट जीनोम अनुक्रम। जीनोम घोषणाएँ 2013, 1। पीएमआईडी: 23405287 |
| बाला एम, कुमार एस, राघव जीपीएस, मायिलराज एस: रोडोकोकस रूबर स्ट्रेन बीकेएस 20-38 का ड्राफ्ट जीनोम अनुक्रम। जीनोम घोषणाएँ, 1:e0013913। (समान योगदान) पीएमआईडी: 23558535 |
| कौर एन, कुमार एस, बाला एम, राघव जीपीएस, मायिलराज एस: एमीकोलेटोप्सिस डेकाप्लानिना स्ट्रेन डीएसएम 44594टी का ड्राफ्ट जीनोम अनुक्रम। जीनोम घोषणाएँ, 1:e0013813। (समान योगदान) पीएमआईडी: 23558534 |
| सिंह एनके, कुमार एस, राघव जीपीएस, मायिलराज एस: एसिनेटोबैक्टर बाउमानी स्ट्रेन एमएसपी4-16 का ड्राफ्ट जीनोम अनुक्रम। जीनोम घोषणाएँ, 1:e0013713। (समान योगदान) पीएमआईडी: 23558533 |
| बाला एम, कुमार एस, राघव जीपीएस, मायिलराज एस: रोडोकोकस क्विंगशेंगी स्ट्रेन बीकेएस 20-40 का ड्राफ्ट जीनोम अनुक्रम। जीनोम घोषणाएँ, 1:e0012813। (समान योगदान) पीएमआईडी: 23538906 |
| विक्रम एस, कुमार एस, वैद्य बी, पिन्नाका ए.के., राघव जीपीएस: 2-क्लोरो-4-नाइट्रोफेनॉल-डिग्रेडिंग बैक्टीरिया आर्थ्रोबैक्टर प्रजाति के जीनोम अनुक्रम का ड्राफ्ट। स्ट्रेन एसजेकॉन। जीनोम घोषणाएँ, 1:e0005813। (समान योगदान) पीएमआईडी: 23516196 |
| कौर एन, कुमार एस, मायिलराज एस: एमीकोलेटोप्सिस वैनकोरेस्मायसिना स्ट्रेन डीएसएम 44592टी का जीनोम अनुक्रमण और एनोटेशन। जीनोमिक्स डेटा 2014, 2:16–17। (समान योगदान) पीएमआईडी: 26484057 |
| किमुरा के, कुमार एस, टेको एम, मायिलराज एस: जीनोम अनुक्रमण, सिट्रोबैक्टर फ्रेंडी स्ट्रेन जीटीसी 09479 का एनोटेशन। जीनोमिक्स डेटा 2014, दिसंबर; 2: 40–41 । (समान योगदान) पीएमआईडी: 26484065 |
C) सहयोगी / योगदानकर्ता / सह-लेखक के रूप में
| सिंह एस, गौर ए, शर्मा आरके, कुमारी आर, प्रकाश एस, कुमारी एस, चौधरी एडी, प्रसून पी, पंत पी, हंकलर एच, थम टी, जगवेलु के, भारती पी, हनीफ के, चितकारा पी, कुमार एस, मित्रा के, गुप्ता एस.के. मुसाशी-2 क्लुह और स्माइद1 mRNA को अस्थिर करके माइटोकॉन्ड्रियल डिसफंक्शन को प्रेरित करके कार्डियक हाइपरट्रॉफी और हार्ट फेलियर का कारण बनता है। बेसिक रेस कार्डियोल। 2023 नवंबर 3;118(1):46। पीएमआईडी:37923788 |
| सक्सेना एच, नेगी एच, केशन आर, चितकारा पी, कुमार एस, चक्रवर्ती ए, रॉय ए, सिंह आईके, सिंह ए. सिसर एरियेटिनम से लिपिड-ट्रांसफर प्रोटीन की एक व्यापक जांच हेलिकोवर्पा आर्मिगेरा-संक्रमण के खिलाफ पौधों की रक्षा में उनकी भूमिका को उजागर करती है। फ्रंट जेनेट, 2023. 14:1195554. पीएमआईडी:37456660 |
| अंकित ए, सिंह ए, कुमार एस और सिंह ए* (2023) मॉर्फोफिजियोलॉजिकल और ट्रांसक्रिप्टोम विश्लेषण से पता चलता है कि चयापचय, फाइटोहोर्मोन और जड़ विकास मार्गों का पुनर्प्रोग्रामिंग दो विपरीत चने की किस्मों में पोटेशियम (K+) की कमी की प्रतिक्रिया को नियंत्रित करता है। फ्रंटियर्स इन प्लांट साइंस। 13:1054821. |
| राउल बी, भट्टाचार्जी ओ, घोष ए, उपाध्याय पी, टेम्भारे के, सिंह ए, शाहीन टी, घोष ए.के., टोरेस-जेरेज़ आई, क्रोम एन, क्लेवेंजर जे, उडवर्दी एम, ई शेफ़लर बी, ओज़ियास अकिंस पी, दत्ता शर्मा आर, बंद्योपाध्याय के, गौर वी, कुमार एस, सिंहारॉय एस. डालबर्गोइड लेग्यूम मूंगफली के सूक्ष्म और ट्रांसक्रिप्टोमिक विश्लेषण से नोड फैक्टर पर निर्भर एपिडर्मल क्रैक-एंट्री और टर्मिनल बैक्टेरॉइड भेदभाव के लिए एक भिन्न विकास का पता चलता है। मोल प्लांट माइक्रोब इंटरैक्ट। 35(2):131-145. पीएमआईडी: 34689599 |
| सिंह एस, किन एफ, कुमार एस, एल्फमैन जे, लिन ई, फाम एल, यांग ए और ली एच (2019) गैर-रोगग्रस्त ऊतकों और कोशिकाओं में काइमेरिक आरएनए का परिदृश्य। न्यूक्लिक एसिड अनुसंधान 2020; 48(4):1764-1778 पीएमआईडी: 31965184 |
| वू पी, यांग एस, सिंह एस, किन एफ, कुमार एस, वांग एल, मा डी और ली एच: सरवाइकल सी में चिमेरिक आरएनए का परिदृश्य और निहितार्थ EBioMedicine 2018 31 अक्टूबर. pii: S2352-3964(18)30477-8. doi: 10.1016/j.ebiom.2018.10.059. PMID: 30389505 |
| हुआंग आर, कुमार एस, ली एच: चिमेरिक आरएनए और एजिंग के बीच सहसंबंध का अभाव। जीन 2017, 8: 386. पीएमआईडी: 29240691 |
| ज़ी जेड, बेबिकेनू एम, कुमार एस, जिया वाई, किन एफ, बर्र एफजी, ली एच: फ्यूजन ट्रांसक्रिप्टोम प्रोफाइलिंग एल्वोलर रबडोमायोसारकोमा में अंतर्दृष्टि प्रदान करता है। संयुक्त राज्य अमेरिका के राष्ट्रीय विज्ञान अकादमी (पीएनएएस) की कार्यवाही 2016, 113:13126–13131। पीएमआईडी: 27799565 |
| धंडा एस.के., वीर पी., सिंगला डी., गुप्ता एस., कुमार एस., राघव जीपीएस: माइकोबैक्टीरियम ट्यूबरकुलोसिस के मौजूदा और उभरते उपभेदों के खिलाफ टीके डिजाइन करने के लिए एक वेब-आधारित प्लेटफॉर्म। पीएलओएस वन 2016, 11:e0153771. पीएमआईडी: 27096425 |
| बेबीसेनु एम, किन एफ, ज़ी जेड, जिया वाई, लोपेज़ के, जानुस एन, फेसमायर एल, कुमार एस, पैंग वाई, क्यूई वाई, लाज़र आईएम, ली एच: गैर-कैंसर ऊतकों और कोशिकाओं में आवर्तक काइमेरिक फ़्यूज़न आरएनए। न्यूक्लिक एसिड रिसर्च 2016, 44:2859–72। पीएमआईडी: 26837576 |
| गुप्ता एस, चौधरी के, ढांडा एसके, कुमार आर, कुमार एस, सहगल एम, नागपाल जी, राघव जीपीएस: कैंसर के खिलाफ जीनोम-आधारित व्यक्तिगत इम्यूनोथेरेपी या वैक्सीन डिजाइन करने के लिए एक मंच। पीएलओएस वन 2016, 11:e0166372। पीएमआईडी: 27832200 |
| नागपाल जी, शर्मा एम, कुमार एस, चौधरी के, गुप्ता एस, गौतम ए, राघव जीपीएस: पीसीएमडीबी: अग्नाशय कैंसर मिथाइलेशन डेटाबेस। वैज्ञानिक रिपोर्ट 2014, 4:4197। पीएमआईडी: 24569397 |
| कुमार आर, चौधरी के, गुप्ता एस, सिंह एच, कुमार एस, गौतम ए, कपूर पी, राघव जीपीएस: कैंसरडीआर: कैंसर ड्रग रेजिस्टेंस डेटाबेस। वैज्ञानिक रिपोर्ट 2013, 3:1445। पीएमआईडी: 23486013 |
| विक्रम एस, पांडे जे, कुमार एस, राघव जीपीएस: पैरानाइट्रोफेनॉल के विघटन में शामिल जीन बर्कहोल्डरिया प्रजाति स्ट्रेन एसजे98 में गैर-सन्निहित जीन समूहों के रूप में अलग-अलग व्यवस्थित होते हैं। प्लोस वन 2013, 8:e84766। पीएमआईडी: 24376843 |
| सिंह एसवी, कुमार एन, सिंह एसएन, भट्टाचार्य टी, सोहल जेएस, सिंह पीके, सिंह एवी, सिंह बी, चौबे केके, गुप्ता एस, शर्मा एन, कुमार एस, राघव जीपीएस: माइकोबैक्टीरियम एवियम उपप्रजाति. पैराट्यूबरकुलोसिस स्ट्रेन एस5 के “इंडियन बाइसन टाइप” बायोटाइप का जीनोम अनुक्रम। जीनोम घोषणाएँ 2013, 1। पीएमआईडी: 23469332 |
D) पुस्तक अध्याय
| हामिद, एफ., अरोड़ा, एस., चितकारा, पी., कुमार, एस*. (2024). आरएनए-सीक्वेंसिंग डेटा का उपयोग करके फ्यूजन ट्रांसक्रिप्ट का पता लगाना। इन: आज़ाद, आर.के. (संपादक) ट्रांसक्रिप्टोम डेटा विश्लेषण। आणविक जीवविज्ञान में विधियाँ, खंड 2812। ह्यूमन, न्यूयॉर्क, एनवाई। https://doi.org/10.1007/978-1-0716-3886-6_14 |
| विवेक, ए.टी., कुमार, एस*. (2024)। संक्रमित sRNA-Seq नमूनों से वायरस-व्युत्पन्न छोटे हस्तक्षेप करने वाले RNA (vsiRNA) की पहचान। इन: आज़ाद, आर.के. (संपादक) ट्रांसक्रिप्टोम डेटा विश्लेषण। आणविक जीव विज्ञान में विधियाँ, खंड 2812। ह्यूमना, न्यूयॉर्क, NY। https://doi.org/10.1007/978-1-0716-3886-6_17 |
| td>सिंह, ए., ज़हरा, एस., अरोड़ा, एस., हामिद, एफ., कुमार, एस*। (2024)। टीआरएनए टुकड़ों की सिलिको पहचान, कैंसर बायोमार्कर के लिए नए उम्मीदवार, और चिकित्सीय लक्ष्य। इन: आज़ाद, आर.के. (संपादक) ट्रांसक्रिप्टोम डेटा विश्लेषण। आणविक जीव विज्ञान में विधियाँ, खंड 2812। ह्यूमन, न्यूयॉर्क, एनवाई। https://doi.org/10.1007/978-1-0716-3886-6_21 |
| नारायण, ए., पाहवा, बी., कुमार, एस*. (2022)। फ्यूजन ट्रांसक्रिप्ट के लिए कम्प्यूटेशनल टूल्स और डेटाबेस: कैंसर में चिकित्सीय लक्ष्य। इन: सिंह, एस. (संपादक) कैंसर अनुसंधान में सिस्टम बायोमेडिसिन दृष्टिकोण। स्प्रिंगर, सिंगापुर। https://doi.org/10.1007/978-981-19-1953-4_6 |
| नारायण ए, चितकारा पी, कुमार एस*. (2022)। फसल सुधार के लिए जीनोमिक संसाधनों पर अपडेट। इन: वानी, एस.एच., कुमार, ए. (संपादक) अनाज फसलों का जीनोमिक्स। स्प्रिंगर प्रोटोकॉल हैंडबुक. ह्यूमना, न्यूयॉर्क, एनवाई. https://doi.org/10.1007/978-1-0716-2533-0_2 |
| नारायण ए और कुमार एस*. (2022) अगली पीढ़ी की अनुक्रमण तकनीकों की मदद से पौधों में नए आरएनए की पहचान। कृषि में जैव सूचना विज्ञान, अकादमिक प्रेस, 177-189, doi: https://doi.org/10.1016/B978-0-323-89778-5.00018-0 |
| नारायण ए, ज़हरा एस, सिंह ए, कुमार एस*। वायरल-व्युत्पन्न छोटे हस्तक्षेप करने वाले आरएनए (vsiRNAs) की पहचान के लिए सिलिको विधियाँ और प्लांट जीनोमिक्स में उनका अनुप्रयोग। मेथड्स मोल बायोल. 2022;2408:71-84. doi: 10.1007/978-1-0716-1875-2_4. PMID:35325416. |
| मंडल एम, पोद्दार एन, कुमार एस.* (2022) बिग डेटा एनालिसिस द्वारा पौधों में नोवेल नॉनकोडिंग आरएनए की पहचान। इन: सिंह एस. (एड्स) मशीन लर्निंग और सिस्टम बायोलॉजी इन जीनोमिक्स एंड हेल्थ। स्प्रिंगर, सिंगापुर। https://doi.org/10.1007/978-981-16-5993-5_7 |
| नारायण ए, सिंह ए, और कुमार एस.* बिग डेटा विश्लेषण के माध्यम से माइक्रोबायोम विज्ञान को समझना। (eds)। इन: सिंह एस. (eds)। मेटाजीनोमिक्स सिस्टम बायोलॉजी। स्प्रिंगर, सिंगापुर। https://doi.org/10.1007/978-981-15-8562-3_3 |
| विवेक ए.टी., और कुमार एस.* (2020)। प्लांट स्ट्रेस रिसर्च में जीनोमिक्स दृष्टिकोण। खान, सिंह, और पुअर (संपादक)। पौधों में अजैविक तनाव सहनशीलता में सुधार। सीआरसी प्रेस/टेलर और फ्रांसिस ग्रुप DOI: 10.1201/9780429027505-16. |
| जायसवाल एम, ज़हरा एस और कुमार एस.* (2020)। एपिटोप भविष्यवाणी के लिए जैव सूचना विज्ञान उपकरण। इन: सिंह एस. (संपादक)। सिस्टम और सिंथेटिक इम्यूनोलॉजी। स्प्रिंगर, सिंगापुर https://doi.org/10.1007/978-981-15-3350-1_4 |
| सिंह ए और कुमार एस.* (2019)। प्लांट एक्सक्लूसिव वायरस-व्युत्पन्न छोटे हस्तक्षेप करने वाले आरएनए का अध्ययन। इन: कुमार एस., एग्बुना सी. (संपादक) फाइटोकेमिस्ट्री: इन-सिलिको और इन-विट्रो अपडेट। स्प्रिंगर, सिंगापुर। https://doi.org/10.1007/978-981-13-6920-9_29. |
| ज़हरा एस और कुमार एस.* (2019)। PtRFdb: प्लांट tRNA-व्युत्पन्न टुकड़े डेटाबेस। इन: कुमार एस., एग्बुना सी. (संपादक) फाइटोकेमिस्ट्री: इन-सिलिको और इन-विट्रो अपडेट। स्प्रिंगर, सिंगापुर। https://doi.org/10.1007/978-981-13-6920-9_27. |
| सिंह ए, ज़हरा एस, और कुमार एस.* (2019)। फाइटोकेमिकल रिसर्च में इन-सिलिको टूल्स। इन: कुमार एस., एग्बुना सी. (संपादक) फाइटोकेमिस्ट्री: इन-सिलिको और इन-विट्रो अपडेट। स्प्रिंगर, सिंगापुर। https://doi.org/10.1007/978-981-13-6920-9_19. |
| नारायण ए, सिंह ए, और कुमार एस.* (2019)। फाइटोकेमिकल रिसर्च में प्रोटीन होमोलॉजी मॉडलिंग। इन: कुमार एस., एग्बुना सी. (संपादक) फाइटोकेमिस्ट्री: इन-सिलिको और इन-विट्रो अपडेट। स्प्रिंगर, सिंगापुर। https://doi.org/10.1007/978-981-13-6920-9_24. |
| ज़हरा एस, सिंह ए और कुमार एस.* (2018). सिंथेटिक जांच, उनके अनुप्रयोग और डिजाइनिंग. इन: सिंह एस. (संपादक) सिंथेटिक बायोलॉजी (ओमिक्स टूल्स और उनके अनुप्रयोग). स्प्रिंगर, सिंगापुर https://doi.org/10.1007/978-981-10-8693-9_11. |
| कुमार एस और ली एच. (2017) इन सिलिको एंटीकैंसर पेप्टाइड्स का डिजाइनिंग. इन: लाज़र आई., कोंटोयियानी एम., लाज़र ए. (संपादक) ड्रग डिस्कवरी के लिए प्रोटिओमिक्स. आणविक जीवविज्ञान में विधियाँ, खंड 1647. ह्यूमाना प्रेस, न्यूयॉर्क, एनवाई https://doi.org/10.1007/978-1-4939-7201-2_17. |
समूह सदस्य
| स्नेहा तिवारी | रिसर्च एसोसिएट-I |
| सिमरन | पीएचडी छात्र |
| फ़िज़ा हामिद | पीएचडी छात्र |
| शीतल सिंह | पीएचडी। छात्र |
| नियति बिष्ट | प्रोजेक्ट एसोसिएट- I |
| साक्षी चौधरी | प्रोजेक्ट एसोसिएट- I |
| जागृति शुक्ला | प्रोजेक्ट एसोसिएट- I |
| लव कौशिक | प्रोजेक्ट एसोसिएट- I |
| कंका मुखर्जी | प्रोजेक्ट एसोसिएट- I |
व्यावसायिक और शैक्षणिक पृष्ठभूमि
| स्टाफ साइंटिस्ट (मई 2017- अब तक): नेशनल इंस्टीट्यूट ऑफ प्लांट जीनोम रिसर्च (NIPGR), नई दिल्ली, भारत |
| पोस्टडॉक्टरल रिसर्च एसोसिएट (2015-2017): यूनिवर्सिटी ऑफ वर्जीनिया, चार्लोट्सविले, VA, USA |
| शोध वैज्ञानिक (2014-2015): सर गंगा राम अस्पताल, नई दिल्ली, भारत |
| पीएचडी (2009-2014): जैव सूचना विज्ञान केंद्र, माइक्रोबियल प्रौद्योगिकी संस्थान (IMTECH), चंडीगढ़, भारत, JNU, नई दिल्ली द्वारा प्रदान किया गया। |