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पौधे स्थिर होने के कारण लगातार बदलती पर्यावरणीय परिस्थितियों को समझने और उनका जवाब देने के लिए एक परिष्कृत मशीनरी विकसित कर चुके हैं। बहिर्जात संकेत या तो झिल्ली से बंधे रिसेप्टर्स, साइटोसोलिक रिसेप्टर्स या विभिन्न इंट्रासेल्युलर ऑर्गेनेल से जुड़े रिसेप्टर्स के माध्यम से माना जाता है। संकेत की धारणा के बाद, घटनाओं का एक झरना शुरू होता है जो इसे जीन अभिव्यक्ति और बदले में पौधे के विकास को नियंत्रित करने के लिए पौधे की जीन मशीनरी में स्थानांतरित करता है। इन सिग्नलिंग कैस्केड में अलग-अलग घटनाएँ शामिल हो सकती हैं जैसे कि बदली हुई ca2+ आयन होमियोस्टेसिस, फॉस्फोराइलेशन/डिस्फोरिलेशन प्रतिक्रियाएँ, प्रोटीन-प्रोटीन इंटरैक्शन इत्यादि। पहले, इस पूरे कैस्केड को रैखिक माना जाता था, यानी एक संकेत केवल एक संकेत मार्ग को उद्घाटित करता है, लेकिन ढेरों रिपोर्ट आने के साथ, यह स्पष्ट होता जा रहा है कि ये सभी संकेत मार्ग एक दूसरे के साथ बातचीत करते हैं और रैखिक होने के बजाय वे आपस में जुड़े हुए हैं और एक जाल का हिस्सा हैं। मोटे तौर पर, एक उत्तेजना एक संकेत घटना को उद्घाटित करने के बजाय कई अन्य संकेत मार्गों के साथ बातचीत कर सकती है ताकि पौधे की वृद्धि और विकास को इष्टतम रूप से नियंत्रित किया जा सके। ये संकेत बातचीत किसी भी स्तर पर हो सकती है, यानी कई मार्गों द्वारा संकेत घटकों को साझा करना, या प्रतिलेखन कारकों के स्तर पर या प्रभावित जीन के प्रमोटर पर आगे की ओर संकेत मार्गों का अभिसरण। पौधों में कई रिपोर्ट मौजूद हैं, जहाँ प्रकाश, हार्मोन, शर्करा और तनाव संकेत मार्गों को परस्पर क्रिया करते हुए दिखाया गया है। NIPGR में हमारा समूह एक मॉडल पौधे के रूप में अरेबिडोप्सिस थालियाना का उपयोग करके इन आणविक अंतःक्रियाओं को चिह्नित करने में शामिल रहा है। उत्पन्न जानकारी का उपयोग फसल पौधों में कृषि संबंधी महत्वपूर्ण लक्षणों को सुधारने के लिए किया जाएगा।