संस्थान का पीएचडी कार्यक्रम हर साल शुरू किया जाता है। यह संस्थान का एक दीर्घकालिक प्रशिक्षण कार्यक्रम है जो पीएच.डी. जवाहरलाल नेहरू विश्वविद्यालय, नई दिल्ली की डिग्री, लघु अवधि के प्रशिक्षण कार्यक्रमों के अलावा, जो संस्थान समय-समय पर आयोजित करता है, जिसके लिए अन्य संस्थानों के वैज्ञानिक पात्र हैं। विद्वानों (जिनके पास सीएसआईआर / यूजीसी / डीबीटी / आईसीएमआर परीक्षा का जेआरएफ है) को इस कार्यक्रम में एक राष्ट्रीय स्तर की प्रतियोगी परीक्षा और पूरे देश में बड़ी संख्या में आवेदकों के साक्षात्कार के आधार पर प्रवेश दिया जाता है। चयनित विद्वानों को छह महीने की अवधि के लिए पहले कोर्स का काम करना आवश्यक है, जिसके बाद विभिन्न प्रयोगशालाओं में प्लांट बायोलॉजी के विभिन्न क्षेत्रों पर शोध कार्य किया जाता है।
